世界曆1939年，桑尼亞帝國入侵鄰國普萊茵共和國，第二次世界大戰爆發。

桑尼亞人很快征服大洲的大部分地區，僅剩東方的盧西亞聯邦和西方海島上的維克托利亞聯合王國仍在抵抗。

帝國稱霸大洲的關鍵在於他們的新型兵器，「魔女」，那是一群白髮紅瞳的少女，她們有著強大的力量，甚至擁有特殊能力。

聯邦透過間諜竊取情報，得知了帝國的秘密，「零號魔女」。

「零號魔女」是所有魔女的源頭，只要殺死她便能無效化魔女們的超能力，於是聯邦派遣一隻由勞教營罪犯組成的特殊部隊前往桑尼亞，目標是殺死「零號魔女」。

喀——懷錶蓋子被打開。「異端，按照慣例，你有五分鐘的時間可以懺悔和提問。」為彰顯女神的仁慈，裁判官們總會給予異端們五分鐘的時間。

十二年前，格洛莉雅的家人被裁判修女殺害，但她卻被裁判修女所收養。如今，身為教會的裁判修女，格洛莉婭冷峻而果決。她的使命是淨化一切被認定為異端的存在，執行信仰與女神的正義。然而，當她與年輕的實習修女特雷西亞踏入一座座染滿鮮血與謊言的現場時，她們逐漸發現，正義的面貌或許並不那麼純粹，女神仁慈信仰的背後也隱藏著無法言說的黑暗。