西元2047年起，地球開始會有未知生物和有著雄厚野心的人類進行大規模的無差別攻擊，不只世界各地死傷慘重，就連人類的文明也正在開始倒退。

迫於壓力之下，各國逐一達成共識，共同建立防衛組織「阿爾克納」。集結全地球各種領域的菁英，包括科學家、軍事專家、技術工程師和戰略家，共同研發新科技與戰術，以對抗這場空前的威脅。

阿爾克納的總部設於日本 東京一帶，並配備先進的科技，成為了指揮和協調各地分部行動的指揮中心。

這裡匯集了全球的智慧，從智慧型機器人到高能武器，阿爾克納最高指揮官致力於保護人類的未來。

然而，隨著戰鬥的持續，組織內部的矛盾也逐漸浮現。面對未知的敵人，菁英們的理念和價值觀開始碰撞。有些人渴望更激進的手段，甚至不惜犧牲道德底線來達成目標，而另一些人則堅持人道主義，主張保護平民和遵循倫理。

在這樣的背景下，年輕的主角霧島靈和其他菁英們被召集到阿爾克納，肩負著拯救人類的重任。隨著他們深入敵人的核心，他們不僅要面對外在的威脅，還要戰勝內心的掙扎，尋找真正的力量和信念。